종부세 주택 수 산정 제외 신청｜상속·일시적 2주택 요건

종부세 주택 수 산정 제외 신청서는 1세대 1주택자가 일반주택 1채와 법에서 정한 특례주택을 함께 보유할 때 제출하는 서식입니다. 2026년 신청기간은 9월 16일부터 9월 30일까지였으므로, 지금은 홈택스 접수내역·신청서 사본·정기고지 반영 여부를 차례로 확인해야 합니다. 신청하지 못했다면 자동 적용을 전제로 계산하지 말고 관할세무서나 국세상담센터 126에 처리 가능 여부를 문의하세요. 일시적 2주택·상속주택·지방 저가주택 등의 요건은 6월 1일 보유현황과 세대원 주택을 기준으로 판단하며, 주택 수에서 제외돼도 특례주택의 공시가격까지 과세표준 합산에서 빠지는 것은 아닙니다.

주택 수 산정 제외 특례란

주택 수에서 제외한다는 말은 그 주택의 공시가격까지 빼준다는 뜻이 아닙니다. 이 특례는 일정한 추가 주택을 보유한 사람을 종부세 계산에서 1세대 1주택자로 판단하는 제도입니다. 특례주택을 포함한 과세대상 주택의 공시가격은 합산하되, 요건을 충족하면 1세대 1주택자 기본공제 12억원을 적용합니다. 연령·보유기간에 따른 세액공제는 전체 산출세액이 아니라 특례주택을 제외한 일반주택에 해당하는 부분에 적용됩니다.

예를 들어 본인 단독명의 일반주택의 공시가격이 10억원이고 특례요건을 충족하는 상속주택의 본인 지분 공시가격이 2억원인 경우를 가정해 보겠습니다. 다른 주택이 없고 1세대 1주택 특례가 적용된다면 공시가격 합계 12억원에서 기본공제 12억원을 차감하는 구조입니다. 상속주택 2억원을 먼저 합산에서 빼고 다시 12억원을 공제하는 방식이 아닙니다. 이는 공제 구조를 설명하는 가정이며 공동명의나 다른 주택이 있으면 납세의무자별 계산을 다시 해야 합니다.

따라서 신청서 제목에 ‘주택 수 제외’라는 표현이 있다는 이유만으로 같은 제도라고 판단하지 않아야 합니다. 상속주택처럼 여러 규정에서 등장하는 주택도 각 규정의 효과를 따로 확인해야 하며, 종부세 특례가 양도소득세 비과세를 보장하는 것도 아닙니다.

자동으로 적용되는 것은 아니다

2026년 신청기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다. 처음 적용받으려는 경우 ‘1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 신청서’를 제출합니다. 홈택스에서 종합부동산세 신고도움 자료와 신청 항목을 확인하거나 관할세무서에 제출할 수 있습니다. 안내문을 받았다는 사실만으로 신청과 심사가 모두 완료된 것은 아닙니다.

이미 신청했고 제출사항에 변동이 없다면 다음 해부터 매년 다시 신청할 필요는 없습니다. 반대로 주택의 취득·양도, 지분 변경이나 요건 상실 등 변동이 있으면 기존 신청 내용과 대조해야 합니다. ‘작년에도 받았으니 올해도 그대로다’라고 가정하지 말고, 6월 1일 보유현황과 기존 신청서를 함께 확인하세요. 부부 공동명의 1주택의 납세의무자 선택은 별도 특례이므로 공동명의 종부세 특례의 재신청·변동신고 안내와 구분해서 읽는 것이 좋습니다.

어떤 경우에 특히 확인해야 할까

기본적으로 과세기준일인 6월 1일 현재 거주자가 일반주택 1채와 법에서 정한 특례주택을 함께 보유한 경우를 검토합니다. 다른 세대원의 주택도 확인해야 하며, 추가 주택이 있다는 사실만으로 특례가 자동 적용되는 것은 아닙니다. 아래 표는 2026년 9월 23일 확인한 국세청 안내 중 주요 판단 기준을 정리한 것입니다.

지방 저가주택은 단순히 ‘서울 밖’이라는 이유로 인정되지 않습니다. 국세청 안내상 수도권 밖 광역시·세종시는 읍·면 지역, 그 밖의 비수도권 지역은 해당 범위를 확인하며, 수도권에서는 경기 가평·연천과 인천 강화·옹진 등 정해진 지역을 확인합니다. 인구감소지역 특례와 지방 저가주택 특례는 이름과 가액 기준이 다르므로 서로 섞어 적용하지 않습니다.

상속주택 사례: 일반주택 1채를 가진 사람이 2023년에 주택을 상속받았다면 2026년 6월 1일 현재 5년 경과 여부부터 확인합니다. 반면 2018년에 상속받았다면 5년 이내 요건만으로 판단할 수 없고, 본인 지분율 또는 지분 상당 공시가격 등 장기 보유 상속주택 요건을 따로 살펴야 합니다. 어느 경우든 다른 세대원의 주택이나 추가 보유주택이 있으면 함께 검토해야 합니다.

일시적 2주택 사례: 신규주택 취득 후 특례를 신청했다고 검토가 끝나는 것은 아닙니다. 종전주택을 신규주택 취득일부터 3년 안에 양도해야 하는 사후요건 등을 지키지 못하면 경감세액과 이자상당가산액이 추징될 수 있습니다. 신청서와 함께 처분기한도 기록해 두는 것이 중요합니다.

양도소득세 주택 수와 혼동하지 말 것

부동산 세금에서 가장 흔한 실수 중 하나는 취득세·양도소득세·종합부동산세의 주택 수 판단을 모두 같다고 생각하는 것입니다. 세목마다 적용 법률과 특례요건이 다를 수 있습니다. 종부세에서 주택 수 산정 제외 대상이라고 해서 양도소득세에서도 당연히 같은 결과가 되는 것은 아닙니다.

신청 전에 확인할 자료

보유주택의 취득일, 취득원인, 소재지, 공시가격, 지분관계 등을 먼저 정리하는 것이 좋습니다. 상속주택이라면 상속개시일과 지분도 확인하고, 신규 취득주택이 있다면 취득일을 정확히 확인해야 합니다. 이후 국세청 홈택스의 종부세 신고도움 자료와 비교하면 판단이 쉬워집니다.

신청 뒤 확인할 사항과 다음 신청 준비

2026년 신청기간은 종료됐습니다. 기간 안에 제출했다면 신청서 사본과 접수번호를 보관하고 정기고지서에 기본공제와 세액공제가 반영됐는지 확인하세요. 제출하지 못했거나 신고 내용에 오류가 있다면 자동 적용을 전제로 계산하지 말고 관할세무서 또는 국세상담센터 126에 처리 가능 여부를 확인하는 것이 안전합니다. 임대주택 합산배제 등 다른 9월 신고와의 차이는 2026 종부세 합산배제·과세특례 신고 체크리스트에서 확인할 수 있습니다.

정기고지서를 확인한 뒤 납부계획을 세울 때는 종부세 분납 기준과 계산 예시도 함께 확인하세요.

정리

종부세에서 보유주택 수가 많다는 이유만으로 바로 다주택 과세라고 단정해서는 안 됩니다. 법에서 정한 주택 수 산정 제외 특례에 해당하는지 확인하고, 대상이라면 정해진 신청기간 안에 신청해야 합니다. 특히 상속 등으로 주택 수가 변한 해에는 반드시 확인해볼 가치가 있습니다.

접수 뒤에는 신청서 사본과 접수번호를 보관하세요. 주택별 주소, 취득원인·취득일, 지분, 공시가격을 한 장의 표로 정리해 신청 내용과 맞추면 오류를 찾기 쉽습니다. 상속등기가 늦었다고 상속개시일도 등기일로 바뀌는 것은 아니므로 상속 관련 자료를 함께 확인합니다. 정기고지 때는 공제 적용 여부를 확인하고, 신청 내용과 다르면 관할세무서에 사실관계를 설명할 자료를 준비하세요.

이 글의 사례는 제도를 설명하기 위한 가정입니다. 여러 특례주택을 동시에 보유하거나 공동명의인 경우, 세대원에게 다른 주택이 있는 경우에는 보유현황 전체를 기준으로 판단해야 합니다. 한 주택만 표의 요건에 맞는다고 전체 세대가 자동으로 1세대 1주택자가 되는 것은 아닙니다.

공식 근거·최종 확인일: 2026년 10월 18일. 국세청 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례 · 국세청 합산배제 신고 안내 · 국세청 별지 제24호 신청서. 구체적인 적용은 해당 과세연도 법령과 실제 보유현황에 따라 달라집니다.